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昌吉学院拥有15个二级教学单位，包括中文系、中语系、经济管理系、外语系、数学系、计算机工程系、物理系、化学与应用化学系、体育系、音乐系、美术系、初等教育学院、马克思主义学院、继续教育学院以及航空学院。学院共设有76个本、专科专业，其中本科专业40个，专科专业36个，专业广泛覆盖法学、教育学、文学、理学、工学、经济学、管理学、艺术学这八个学科门类。

在学术发展方面，昌吉学院于2012年成为教育部“特需项目”建设单位，2013年开始招收工程硕士专业学位研究生。至2018年，学院获批成为硕士学位授予单位，拥有材料与化工（含材料方向、化工方向）以及教育硕士（学科教学·语文、学科教学·数学）两个专业学位硕士授权点。

在专业建设上，昌吉学院现有六个自治区一流专业，分别是数学与应用数学、小学教育、材料物理、能源与动力工程、化学工程与工艺、计算机科学与技术（云计算）；同时拥有数学分析、高等代数两个自治区一流课程。此外，学院还有材料科学与工程这一自治区重点学科，以及能源与动力工程、计算机科学与技术（云计算）和网络与新媒体三个自治区重点专业。目前，学院已逐步构建起专业设置合理、多学科协同发展的办学格局。

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